La historia de los Funko Pop nace como muchos otros sueños en Estados Unidos, en un garaje de una casa en Snohomish (Washington).
«Todo comenzó con Austin Powers», explica Mike Becker, fundador de la empresa, en el documental 'Making Fun: The Story of Funko' realizado por Netflix.
Inicialmente fue nombrada como "Compañía de Diversión", aunque finalmente dieron con la mejor combinación jugando con los términos «Fun» y «Company», donde finalmente se convirtió en Funko.
La marca se originó en el año 1998, cuando tres amigos que compartían la misma pasión (Mike Becker, Sean Wilkinson y Rob Schwartz), empezaron a idear una nueva forma de diseñar sus propias figuras de sus personajes favoritos.
Aunque el primer Funko Pop! de la historia fue una figura con cabeza de ordenador llamado Computer Bob, el éxito no llego hasta la creación de "Big Boy".